Ketika Jepang menduduki Indonesia, Iswahyudi turut diungsikan Belanda ke Australia. Sekitar setahun kemudian, 1943, Iswahyudi berhasil melarikan diri dari Negeri Kangguru tersebut dengan menaiki perahu karet. Iswahyudi kemudian bergabung dengan TKR Jawatan Penerbangan yang merupakan cikal bakal AURI.
Setelah Indonesia merdeka, Iswahyudi dan Abdul Halim Perdana Kusuma ditunjuk sebagai wakil AURI pada Komandemen Tentara Sumatera dan mendapat tugas khusus mencari bantuan senjata ke luar negeri.
Iswahyudi dan Abdul Halim Perdana Kusuma berhasil selamat sampai di Thailand, namun sepulangnya mereka dari menjalankan tugas negera tersebut pesawat yang mereka kemudikan mengalami kecelakaan di Tanjung Hantu, Malaysia. Iswahyudi gugur sebagai kusuma bangsa pada peristiwa tanggal 14 Desember 1947 tersebut. Jenazahnya kemudian dimakamkan di Taman Makam Pahlawan Kalibata, Jakarta.
Pemerintah Indonesia mengangkat Marsda Anumerta R. Iswahyudi sebagai Pahlawan Nasional pada tahun 1975 dan mengabadikan namanya untuk nama lapangan terbang di Maospati, barat kota Madiun, Jawa Timur.