Bakteri pada umumnya adalah heterotrof. Namun, ada juga bakteri yang
autotrof, seperti bakteri kemosintetik. Bakteri ini mendapat energi melalui
reaksi kombinasi oksigen dengan molekul anorganik, seperti sulfur, nitrit, atau
amonia. Dalam prosesnya, mereka melepaskan sulfur atau nitrat, yang merupakan
nutrisi penting bagi tumbuhan, ke dalam tanah.
Beberapa bakteri juga memiliki kemampuan untuk memecah selulosa, komponen
utama pembentuk dinding sel tumbuhan. Terdapat bakteri yang memiliki simbiosis
(hubungan hidup bersama) dengan mamalia ruminansia (memamah biak, seperti sapi,
kambing, domba). Bakteri ini hidup di saluran pencernaan hewan memamah biak dan
membantu mencerna makanan berserat seperti rerumputan yang tidak dapat dicerna
sendiri oleh hewan tersebut. Simbiosis bakteri ini juga terdapat di dalam
pencernaan Anda. Bakteri ini menguraikan makanan yang tidak dapat tercerna dan
mensintesis vitamin seperti vitamin K dan B12.
Cyanobacteria mempunyai peranan dalam kehidupan manusia. Misalnya, dalam
ekosistem, Cyanobacteria berperan sebagai produsen dan makanan bagi ikan ikan
kecil dan udang-udang kecil. Cyanobacteria juga dapat dijadikan makanan.
Contohnya Spirulina yang dapat dijadikan sumber makanan alternatif dikarenakan
kandungan proteinnya yang tinggi.
Anabaena, Cyanobacteria bersel satu, dapat bersimbiosis dengan paku air
Azolla pinnata. Anabaena mengikat nitrogen bebas dari udara sehingga perairan
cukup mengandung senyawa nitrogen yang dapat langsung digunakan oleh tumbuhan
lain. Anabaena dapat ditemukan di sawah-sawah yang berair atau kolam yang
dangkal.
Jenis simbiosis lain terjadi pada tumbuhan Leguminoseae dengan bakteri
pengikat nitrogen yang hidup pada nodul akar tumbuhan tersebut. Bakteri ini
menangkap gas nitrogen (N2) yang tidak dapat digunakan secara
langsung oleh tumbuhan dari udara dalam tanah. Kemudian, bakteri tersebut
menggabungkan nitrogen dengan hidrogen untuk menghasilkan amonium
(NH4 +) yang merupakan nutrisi penting bagi tumbuhan.
Bakteri juga memiliki peranan yang penting dalam produksi makanan bagi
manusia, seperti dalam pembuatan keju, yoghurt, cuka, dan asinan. Pada umumnya,
proses produksi makanan dilakukan dengan bantuan bakteri melalui proses
fermentasi. Proses fermentasi merupakan proses perombakan senyawa organik
kompleks menjadi senyawa organik sederhana secara enzimatik dan anaerobik. Dalam
proses anaerobik tidak memerlukan oksigen, sedangkan aerobik memerlukan adanya
oksigen.
Beberapa bakteri heterotrofik menggunakan energi dengan memecah molekul
organik yang kompleks (molekul yang mengandung karbon). Manusia telah mampu
memproduksi berbagai bahan berguna, namun dapat berbahaya pula bagi lingkungan,
misalnya detergen dan larutan beracun benzen. Bakteri dapat mendegradasi
bahan-bahan berbahaya ini. Istilah biodegradable (artinya dapat dipecah oleh
makhluk hidup) menunjukkan hasil kerja dari bakteri pengurai bahan-bahan
tersebut. Penggunaan agen hayati sebagai pengurai limbah disebut
bioremediasi.
Bakteri juga memegang peranan penting dalam siklus hidup ekosistem. Bakteri
memecah sampah dan jasad mati dari tumbuhan dan hewan serta melepaskan nutrisi
penting untuk digunakan kembali oleh makhluk hidupnya.
Selain memiliki berbagai manfaat, bakteri juga ada yang dapat membahayakan
kesehatan manusia. Bakteri penyebab penyakit disebut juga bakteri patogen.
Bakteri ini menyintesis substansi beracun yang dapat menyebabkan penyakit.
Contohnya, Clostridium tetani dan Clostridium botulinum yang menyebabkan tetanus
dan botulism (keracunan makanan yang dapat menyebabkan kematian). Bakteri
anaerob ini dapat bertahan hidup dalam bentuk spora apabila berada di lingkungan
yang tidak menguntungkan.
Spora Clostridium tetani memasuki tubuh melalui luka atau tusukan. Setelah
luka menutup, spora bakteri akan pecah. Ketika mereka melakukan perbanyakan
diri, bakteri melepaskan racun yang memasuki aliran darah. Karena sifat patogen
dan dapat menyebabkan kematian, banyak bakteri yang disalahgunakan.